零戦の古賀機などは塗装されています。無塗装にしたのは識別のためではないでしょうか。フィリピンでの捕獲機等には尾翼に紅白のストライプも入っています。

公表されている数値からみると米軍式の計測条件に揃えたように思えるので、塗装を剥がしたのもそういう意味合いでは？