全くの想像ですが、燃料不足を理由にアルコールを使っていたと
思います。実際零戦に使って見たところ、思ったより使えたそうです。

3番爆弾

当時の写真に写った燃料車等に「５０」等と書いてあるのがアルコール燃料です。この場合は５０％の無水アルコールを混合したガソリンということになります。練習機等には１００％アルコール燃料も使用されていたとされますが、実際にはどうだったか確証がありません。
エンジンの積み替えについてですが、アルコール燃料の使用には調整が必要だったものの、本体を交換する程のことは無かったのではないでしょうか、それともアルコール燃料の使用による腐食が進んだ為に実戦使用に耐えなかったのかとも考えられますが。
また、特攻出撃時のガソリン使用への切り替えの理由は恐らく、速度向上等の目的ではなく、アルコール使用によって燃費が極端に低下する為に必要な航続距離が得られなかったことによるものと思います。
ＢＵＮ

アメリカの戦略爆撃調査団報告では日本軍のアルコール燃料使用について整備上の問題として以下の点をあげています。

１．シリンダーに過冷却が起こるのを防ぐためにシリンダー頭部をアスペクトで保護しなければならなかった。
２．燃料系統の部品、特に銅合金製の部品の腐食が早くなり、他の金属材料を使わなければならなかった。
３．一般的に始動が困難になった。このため通常の航空ガソリンを始動用に使う必要があり、それを入れる小型タンクが必要になった。

他にもあるけど直接関係しないので省略します。で、私もＢＵＮさんと同意見なのですが、もしかしたら天風クラスのエンジンなら部品や補機の交換だけでなく、エンジンそっくり換えてしまう可能性もなくはないと思います。日立での生産数が２１型と３１型を併せて７０９２基、以外に余裕があったんじゃないかと。
舞弥

アルコールを使うと燃費が悪くなるとか、エンジンの腐食がはやくなるとか、知りませんでした。これでは、エンジンを積み替える可能性もあるかもしれないと言うことですね。
源五郎

ガソリン→アルコールの変更は大変かも知れないけれど、アルコール→ガソリンはやや簡単に済むような気がします。そうしたチューニングを搭乗員方がエンジン換装と記憶されていたのではないか、と思うのですが。しかし、天風ならそっくり交換も有り得るな、とは私も思いました。
ＢＵＮ

　白菊のエンジンについては知りませんが、陸軍の実験部隊でアルコール燃料の試験を行ったところ、星形の空冷エンジンでは振動等が発生して使えなかったが、列型の液霊園人では実用可能との評価を下したそうです。
ぱんてる

　訂正→液霊園人×　液例エンジンでした。
ぱんてる