好んでこのような搭載機銃構成を選んだ訳ではありませんが、雷電の任務と相手の飛行機を思い浮かべればある程度納得できることでしょう。私は機銃兵装に関してはたとえ対戦闘機戦でも十分使用に耐えたと推定しています。
ＢＵＮ

初速の違いは「偏差の違い」と「落差の違い」になって現れます。前者は旋回しながら撃つと２号銃と１号銃の弾道が左右に分離してしまう現象で、後者は長距離射撃のときに弾道が上下に分離してしまう現象です。
調整については、150m なり 200m なりの標準射撃距離を弾道交差点とし、落差の異なる１号と２号の弾道をここで交えるように調整したものと思います。こうすれば少なくとも機体が等速直線飛行している限り一点に弾道が集中することになります。
ただ海軍が対大型機攻撃に使用した背面降下攻撃の場合、多少＋Ｇをかけながら射撃していたようです。弾道が「下に」流れるため雷電の長く太い機首に隠れて標的が見えないという苦情があり、機銃取り付け角を変えて弾道を上向きに修正した話は有名ですね。
これでも１号と２号の弾道は上下に分離したと思いますが、B-29 など動きの鈍い大型機を相手とする雷電にとって、影響は比較的少なかったものと思います。
ささき

弾道の調整なんですが、銃が複数種装備されている場合、必ずしも全ての銃を一点に集中させる訳では無いようです。私が見て来た記録は零戦が部隊で調整した結果ですが、２０ｍｍ二号銃の弾道は１７８ｍで交差していますが、7.7ｍｍは更に遠方に調整されていました。調整法にも色々あるようです。雷電も探してみます。
ＢＵＮ