フロートの有害抵抗だけならば、表面積から言っても単フロートのほうが有利でしょう。MC.72 や S6B などシュナイダー機に双フロートが多いのは、主翼を極限まで薄く軽く造る目的があったのではないかと思います。MC.72 などは双フロートの表面積を逆手に取って放熱面積(表面冷却)に使っていますね。
ささき

　前面投影面積の点では、フロートをやたらと長くできない（引起し角がとれなくなる）ことからフロートの縦横比が制限されることと補助フロートの存在から、単フロートと双フロートの間に著しい差はないようです。ただし、表面積については確実に単フロート（＋補助フロート）の方が小さいでしょう。
　しかし、単フロート化した場合、
・双フロートではフロート間支柱を使って支柱全体の（特にねじり）剛性を比較的
　細い・軽い支柱で確保するテが使えるのに対し、単フロートは太い・重い支柱や
　補助支柱が必要になる。
・補助フロートの支柱にもそれなりの強度が必要になるため、（上記とあわせて）
　支柱全体としての空気抵抗はそれほど減らない可能性がある。
・レシプロ機の場合、強力なエンジンを積んだ場合のプロペラトルクによる傾きの
　補正が難しい（コントラペラならこの問題は生じない）。
・表面積が少ない分、表面冷却器を設置できる場所が減る。
等のリスクを背負い込むことになります。
Schump