確証がある訳ではありませんが、場合によって異なってくると思います。

　例えば、「ベトナム戦争における米軍と北ベトナム軍の撃墜比率」と言う場合、「戦闘によって失われた双方の軍用機の比率」となるでしょう。
　つまりこの場合は、対空砲火による撃墜数も含まれると考える方が自然です。
　離着陸事故等もそれが戦闘時であれば「戦闘による損耗」と考えられますので、これを加えるかどうかは算出する人によって変わってくるのではないかと思います。

　片方の機種を限定したものでよく見られる「太平洋戦争におけるF6Fと日本軍機との撃墜比率」がありますが、これは「F6Fが撃墜したあらゆる日本軍機数」と「戦闘によるF6Fの損失数」の比率のようです。
　つまりこの場合は、落とした機種は限定されていませんが、落ちた機種はF6Fという戦闘機に限定されており、F6Fの損失には対空放火によるものは含まれるが事故などによる損失は含まれていないようです。
　逆に撃墜された日本軍機数は空戦によるものだけで、対空放火による戦果はカウントされないでしょう。

　また、双方の機種を限定したものでよく見られる「朝鮮戦争におけるF86とMig15との撃墜比率」となると、単純に「戦闘によるF86の損失」と「戦闘によるMig15の損失」の比率になり、対空放火による損失も含まれると考えられます。
　ただし、両機種の直接対戦のみで比較する場合はその限りではありません。

　地上撃破を撃墜数にカウントするかどうかは、国によって異なっていたと思いますのではっきり言えません。
T216

過去ログにこんなのがありました。ご参考まで。

http://www.warbirds.nu/ansq/5/E2000082.html

「航空機の機種」といえば、無人機をカウントするか否かという観点もあります。例えば、ベトナム戦争時の北ベトナム空軍ではファイアビー等の無人偵察機も撃墜数にカウントしており、特に初期にはパイロットの対空射撃への慣熟と戦意高揚を狙って上層部が無人機の迎撃を奨励していたともいわれています。
Schump