導入初期のB-29には米陸軍航空部隊の標準迷彩塗装（ニュートラルグレイ＋オリーブドラブ）が施されていました。
　対日戦に実戦投入された機体はほとんどが無塗装ですが、これは重量軽減のためと、制空権を完全に掌握しているため迷彩にする必要がなかったというのが主な理由です。ただし、編隊の先導機は識別帯を機体各所に塗装していました。
ブラック・タロン

下面黒色、という塗装例もありますしね。
片

試作機はともかく導入初期からＢ２９は銀色だったように思います。
ＢＵＮ

基本的に無塗装ですが、2段階目の試作機であるYB-29のうち少なくとも2機、
また生産型の最初のブロックであるB29-1のうち少なくとも1機が塗装されていたのはほぼ間違いありません。
まあ、いずれにせよ特殊例でしょう。YB29はカラー写真が残ってます。
色は機体がオリーブドラブで腹（機体下面）がニュートラルグレイの単純な塗り分けという、
陸軍標準のおなじみの塗装ですが、どうも主翼は上下面とも無塗装のように見えます。
無論、迷彩などではなく、単純な塗り分けです。
他には片カントクさんが指摘されてる下面黒、といったところでしょうか。

ちなみに爆撃機を無塗装としたのは、敵地上空で迎撃を受けてバラバラになったさい、
編隊を組み直すのに僚機見つけにくいと時間がかかり、かえって危険だったから、
というのも大きいようです。
アナーキャ

3機のXB-29のうち1号機は塗装あり、2号機（墜落）と3号機は無塗装だったようです。（機密保持のため、民間の旅客機に見せかけていた、との説もあり。）
14機生産されたYB-29（うち1機は後に改造されてXB-39）は、おそらく全機塗装あり。
B-29の初期量産型の少なくともおそらく40機は塗装あり。
（以上の塗装は、上面オリーブドラブ、下面ライトグレイ。）

後期生産型のB-29AとB-29Bの一部は、夜間作戦用に下面のみ黒の塗装が施されていたようです。

また、朝鮮戦争時には、多くが下面黒の塗装だったようです。
OPD

１４機のYB-29群に続いた最初の生産ブロックの５０機、少なくともその中の１機は上面オリーブドラブ、下面グレイの迷彩塗装姿で1944年にインド〜ビルマ方面で実戦部隊（770th BS/462nd BG)に配備され、同年夏のシンガポール空襲などに参加したとのこと。同機のニックネームはLady BOOMERANGで、B-29-1-BW 42-6223となっております。（Osprey社刊、B-29 SUPERFORTRESS UNITS OF WORLD WAR 2　参照。同書中にその機体の側面カラー塗装図あり。）
ＭＢ

みなさんご返答ありがとうございました
ムヒ