装甲巡洋艦は普通の船舶（木造等、近年は鉄も）に防御用の甲鉄を「搭載」（貼り付けて有るだけ）した船（装甲艦、甲鉄艦ともいいます）を指します。つまり、あくまでも「装甲」であって船体強度にはまったく関係ありませんから、船としては通常船舶と同程度かそれ以下の強度しか持っていない華奢な（船舶として）船でした

防護巡洋艦は近代的な巡洋艦発展直前までの艦種で「舷側に装甲板を持たず、多くの場合、喫水線よりやや上方の中甲板に薄い装甲をはって防御甲板となしその下に機関部、弾薬庫など重要区画を収めた方式の巡洋艦」となってます。（参考文献：日本の軍艦「重巡�T」より抜粋）

↑２つ下、下の定義から行くと信長の「鉄甲船」も装甲艦の一種となります^^

装甲巡洋艦はその後の巡洋戦艦へ進化する準戦列艦の流れで戦艦に集約されてゆき、防護巡洋艦は２０世紀の巡洋艦に発展する帆船でいうフリゲイト的な流れで現代に到る、と言ってよいのでは？

（↑一番下）装甲が船体強度に関係ないのは本物の巡洋艦も同じです。隣り合う装甲鈑の接合面で，引っ張りや圧縮を伝える接手の開発が必要なためです。日本海軍で装甲鈑に船体強度を受け持たせた初めての巡洋艦は「夕張」でした。日本海軍では厚さ125ｍｍ以下の装甲に限って，船体強度への利用が可能でした。波浪に対する強度は，戦闘艦だからといって特に民間船と異なるわけではありません。

↑一番下、ごめんなさい、大嘘書きました。装甲巡洋艦は防護巡洋艦が更に発達したもので、水線甲帯が付けられているものの呼称です。ちなみに装甲巡洋艦は巡洋戦艦へと進化していき、一方駆逐艦の設計方針を取り入れたものが後の近代的巡洋艦（偵察巡洋艦ひいては軽巡等）へ進化していきました。で、どっちつかずの「防護巡洋艦」は消滅してしまった訳です。

とすると、初代の利根とかはどういう流れの中にあるんでしょう？

消滅してしまったのはどちらかというと事実上「三等戦艦」だった装甲巡洋艦の方ではありませんか？近代巡洋艦の祖といえる英国のアレスーザ級は防護巡洋艦の流れの中に存在すると位置づけられています。

利根は舷側装甲帯もないし類別は防護巡洋艦でしょう。基本的には本格的な装甲があるかどうかが基準で、装甲巡洋艦は巡洋戦艦、防護巡洋艦は重巡や軽巡にそれぞれ発展的解消をしたという所では？

↑（2つ下）＜どうでもいい事１＞装甲巡洋艦は日本においては、当初「1等巡洋艦」に類別され、最後の装甲巡洋艦「鞍馬型」等は後に「巡戦」に類別されてます。

↑（4つ下）＜どうでもいい事２＞「利根」の初代は運送艦「第1，２利根丸」（2隻同時在籍）です。（ごめんなさい、余計なつっこみばかりで）

↑下の人が書いているのは明らかに「巡洋艦の」初代利根なんだから、確かに意味のないツッコミだと思うよ。

防護巡洋艦の定義から考えると、後の巡洋艦以上に防御は堅牢だがその分遅い、また装甲巡洋艦（もしくは巡洋戦艦）と一部似た方式の防御方式を用いられているが攻撃力も装甲もそれ以下・・・。つまりは防護巡洋艦は「巡洋戦艦」と「近代的巡洋艦」の祖先（過度的な）だったのではないでしょうか

系譜としては、防護巡→偵察巡→近代的巡洋艦ってとこでしょう。

装甲巡は主力艦の補助をする準主力艦という位置付けでしょう。たとえば八六艦隊の初期の構想では戦艦八隻と装甲巡六隻だったのが、後に後者が巡戦六隻に変わっているのも傍証の一つです。