一応は、建造順です＞予算請求の順番だったかな？
でもって、旧式化したヤツに１００足して、番号空けて、新規建造艦に譲った
これが一般的な伊号の番号ですね
大戦中期以降は既存のモノとは完全にコンセプトの異なる物が出てきます
これらと既存タイプを混同しないようにするために
２００や４００の番号を割り振ったと見て良いかと思います
よって、百番台が０だと既存型、１だと旧式、２だと水中高速型
まあ、日本海軍の番号割り当てのいい加減さをまじめに考えると大変です(;_;)

ＳＵＤＯ

建造順というより、計画順です。潜水艦の場合は仮称の「何号艦」はなしで、そのまま番号つけて通してたと思います（うろ覚えですけど）伊号の巡潜と海大は建造時期が重なってますが、初めのうちは５０番以降が海大型です。後に旧式の海大および機雷潜には頭に１をつけて１ｘｘにし、潜高には２を、潜補および丁型には３を、特型には４を割り振ってます。呂号は初めのうちは１クラスの計画艦が１０隻未満でしたので、十の位でクラスを示すような艦番号になっていました。海中型あたりになってくると、短に計画順の通し番になってます。波号はよくわかりません。また、伊号呂号に共通して５００番台はドイツ・イタリアからのもらい物の潜水艦です。
まなかじ

潜水艦の艦番号が複雑に見えるのは、ＷＷI後のドイツ式巡潜の導入時に艦番を巡潜に限り１に戻しているからです。それまでの通し番号の第七四潜水艦を伊１と改称し、一方、海軍式潜水艦は通し番号を海大型の最後まで採用し続けています。巡潜はその後、甲、乙、丙型の時代になると偶数奇数を使い分けていたりしますが戦時量産のため徹底しません。大東亜戦争期に更にもう一度新造巡潜の番号は１から振り直されているので複雑な印象を与えるのでしょう。
ＢＵＮ