海上自衛隊に限らず、現代の大型水上艦艇は装甲していません。
（空母の要所や、一部の艦艇の主要部には装甲してますが・・・）
ご質問の「どの程度の砲撃」で言うなら、砲撃どころか銃撃でも穴があくと思って結構です。

不審船舶に対する警備は海上保安庁の仕事ですし、保安庁のフネには防弾処置も進められていると聞きます。

ＳＵＤＯ

ご回答ありがとうございます。
そうですか、かつて日本海で、護衛艦が不審船を追走した騒動があったとき、
日本の政治家が「撃ってはならない、体当たりでもなんでも他に方法は
あるはずだ」
と言ってたのが思い出されます。
zuke

＞海自の話ではありませんが

　８０年代頃から一部の艦艇の主要部への装甲（ケプラー装甲やらなんやら）の装備が始まっています（ＳＵＤＯ様も指摘されている一部艦艇への主要部の装甲という奴）、理由としては被弾した場合やらなんやらの被害の極限の為の断片防御などが上げられますが、テロリストによる攻撃（停泊中の艦艇に対する迫撃砲やら自動小銃等小火器による襲撃等）に対する被害極限（行動不能になる事を防ぐ等）も視野に入れているそうです、海上自衛隊の護衛艦の設計にその様な事が織り込まれているとの話は聞いた事が無いですが、織り込まれていないと聞いたこともありません、ただ、今度配備される予定のミサイル艇は不審船対処を目的とした改設計を受けていますので、海上保安庁並みの防弾が施されている可能性はあります。（でも、公式発表は無いので推測でしかありません、念の為）
ｏｏｉ

海自でも一部の艦艇には弾片防御用の装甲板は装備されています。例えばこんごう型では主船体以外の戦闘区画の暴露部にはニッケル・クローム・モリブデン鋼を装備し防御していますし、輸送艦みうら型でも第一甲板以上の戦闘区画の囲壁と天井には高張力鋼を使って弾片防御を行っているようです。

こうした海自艦艇の防御については世界の艦船や自衛隊装備年鑑等でもある程度言及されています。
しばいぬ

　ミサイル艇について。先の不審船事件の直後のある平日の午後、下りの京急に乗っていたら、横浜から乗ってきた自衛隊の技術関係者（会話からそれと知れた）が、あたりはばからぬ大声で次の会話をしていた。
「保安庁も手の内を明かさなければ良かったのに。」
「会見でね。・・・窓がやられてたね。」
「今下関で造ってる奴の窓は・・・」
「窓は防弾じゃないです。ただ、ケブラーを。」
「全体に？」
「いや、人の居る所だけ。」
なるほど、秘密というのはこうやって洩れるのかと感心した。保全の感覚が皆無の自衛官も居たものだ。まあ、秘密というほどのことでも無いから、ご大層に隠そうとしなくても良いのかもしれないが。
　いずれにせよびっくりした。あまりびっくりしたので、よく覚えています。
藤