素人考
　１．乗組員の安全確保。
　２．敵に艦を捕獲されないようにする為。（秘密確保）
こんなもんですかね、、、
ぐっちょり

主としては１．の回答のとおりだと思います。
また、艦が戦闘不能になっていない場合、敵に沈められる寸前まで戦えば、確かにいくらかの損害は与えられるかもしれませんが、戦闘のためには艦に乗員が残っていなければなりませんよね？乗員が残っていると、万一の場合の乗員救助のためにまだ無事な僚艦を残さねばなりません。戦闘の果てに僚艦や乗員を道連れに沈没したら、敵に与えたダメージより、自軍のキズを広げる可能性の方が高いという事態になりかねないのです。

　また、艦が自沈を選択する場合の状況として、ほとんどの場合、その戦闘における自軍の敗北がほぼ確定してる、という状況が見られます。
　自沈を考える場合、対象艦は、まず自力での戦場撤退が不能なほどのダメージを受けていると考えてよいと思うのですが、戦闘に自軍が勝利している場合には、護衛や救援艦艇を十分に付けることで、曳航も可能で、自沈の選択はありません。一例として、大戦末期に米空母フランクリンは、沖縄戦で特攻機の突入を受けて大破し、大火災発生、航行不能という大被害を受けました。通常なら、放棄処分されていてもおかしくない被害ですが、自軍の戦力が十分で、日本軍の追撃の可能性も低かったため、巡洋艦に曳航されて撤退に成功しました。
　しかし、負け戦となると、自力航行可能な艦は速やかに戦場から離脱させないと敵艦隊の追撃を受けますし、乗員が脱出した後の損傷艦は確実に沈めないと、敵に捕獲されて艦の防御構造や武装など貴重な情報を敵に与えてしまうことになります。このため、止む無く自沈、または僚艦による処分という決断が下されるわけです。
　艦の自沈や処分は、どうにもならない状況下における、最後の決断なのです。
つね

グラフシュペーが戦う前から自沈してしまったのは何故なのでしょうか？
艦長が敗北確実と思っていたにしても、
「南米ではどうせ救助が来ないんだから戦って沈む」と考えたりはしなかったのでしょうか？
便乗質問ですが

＞3
　負ける事が判ってる戦いに赴くのは理性的な行動とは言えませんな。
　艦隊戦のように、自己の犠牲が友軍の助けになるならばまだしも、シュペーの事例では、単なる犬死と同義です。
　敵戦力を本国遠くで吸引するという役目は十分に果たしたのですから、自分たちの任務は終わったのだと主張する事は出来なくも無いでしょう。

　そして、それを艦長が本当に納得していたのかどうかは判りません。
　彼の自殺は、そういった様々な葛藤の存在をも感じさせます。
ＳＵＤＯ

>4
シュペー号の件ですが、乗員の大半は脱出していたということですか？
彼らはその後どうなったんでしょうか？
taka

シュぺー号の乗組員はシュぺー号に同行した貨物船に移乗し、
（より親独的な）アルゼンチンにむかい、難破船の乗組員
としての資格（これだとおそらく抑留されないのだと思います）
での上陸を認められたようです。
http://www.grafspee.com/escape.html

　１０００人以上の人間をほんのわずかの戦果と引き替えに殺すのは、それぞれの個人にとってはもとより、戦後のドイツにとっても不利な取引です。ゲームならＶＰ（勝利得点）をチェックすればいいだけですが、現実のＶＰはもっと複雑です。

蛇足　昔そういう複雑なＶＰシステムのゲーム作ろうとしたことがあったんですが、なにをやったら勝てるのかよく分からなくなって、どうもゲームとして面白くないんですよね。　敵住民を虐殺したり、占領地住民を強制徴用する事が有利か不利か悩んだりするのはうまく出来たんですが、それはそれでまた問題が…。
カンタニャック