「大鯨」は空母改造予定艦でした。（空母改装後は「竜鳳」と改名）
　その「大鯨」は、エレベーター位置や艦載機格納庫相当のものを事前に準備しており、（乱暴な言い方をすれば）最上甲板を延長して飛行甲板とするだけで軽空母へ改装できるように建造されたわけです。ちなみに、「大鯨」は主機をディーゼルとしているため、写真で確認できるほど大きな煙突（排気筒）は必要ありません。
　ですが、当時はワシントン・ロンドン両海軍軍縮条約下ですから、航空母艦の保有制限はありますし、補助艦艇にも武装等の制約があります。そこで飛行甲板（となる部分）にデーンとあんな邪魔っけな物を載っけて、『私は空母になんて改装するつもりはありませんよ、こんな所に煙路があったら格納庫にならないでしょう』と言っているのです。

　結論
　「　空母改装を悟られないため　」でいかがでしょうか。
能登

＞主機をディーゼルとしているため、写真で確認できるほど大きな煙突（排気筒）は必要ありません。

(いささか脱線しますが)
ディーゼル機関と煙突の関係について、上記のように一言で言い切ってしまえるものなのでしょうか。
例えば、やはりオールディーゼル艦であるドイッチェランドは、他の蒸気タービン艦と類似の煙突形式を採用してますし…
(大鯨と類似の性格を持つ剣崎の(カタログ)機関出力とそう大きくは変わりません。)
これは文字通り桁違いですが、起工済みのＨ級もやはり大型の直立煙突の予定です。

むしろ、瑞穂や日進のような形状のほうが特殊なのではないかと思うのですが…

烈風天駆

＞2
　潜水艦を見てみたら？
ＳＵＤＯ

資料の裏付けなしで恐縮ですが、おそらくドイッチュラントの煙突は、艦の威容という点でああいう形式にしたんじゃないかと思いますですよ。
まなかじ