件の車両の実物を見たことが無いのでTRDIの写真から推測するしかないのですがたぶん発炎筒ではないでしょうか？オプション装備のほうは分かりませんがミニミを搭載している写真を見たことがありますのでそれくらいは搭載できるのではないでしょうか
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>車体側面など穴の開いた突起
それは、窓の防弾板を取り付ける時のヒンジだと思います。
今月の防衛技術ジャーナルにそのようなイラストが載ってました。

オプションですが、01式軽MATを天井のハッチから発射している画像がありますね。

強化服