・ショットシェルの直径が大きいため装弾時に引っ掛かりやすい。
・シェルの大部分はプラスチック製でしかも射撃後に変形する(ショットガンの場合火薬が入っている真鍮の薬莢部は後部1/4くらいで前部3/4は鉛弾を保持するプラ部分)ので、排莢時に詰まりやすい。
・一部のアサルトショットガンを除けば銃身下並行のチューブ・マガジンを使用しており、給弾機構が複雑になり動作タイミングも微妙になる。
・散弾を使う以上ガス圧駆動が使えず(鉛でガスホールが詰まってしまう)反動利用方式となり、しかも銃の反動が強いのでグリップが甘いと銃が後ろに流れて機関部にかかる反動が軽減され動作不全を起こす(特に軽量な銃で深刻)。

といった理由が考えられると思います。
ささき

また外野から失礼します（＾＾；

＞散弾を使う以上ガス圧駆動が使えず・・・

ささきさんがともあろう方が、そんなことを言って貰っては困ります(~_~メ)　散弾銃でオートと言えばブローニングのロングリコイルと思われるのは無理ないですが、ガスオペレーションの散弾銃は存在しますよ。製品化されたモデル数と生産数では、ガスオペレーションの方が多いのではないですか。別に珍しいものじゃありませんよ。

レミントン、ウエザビー、ウインチェスター、日本でもSKB、KFCで製品化されてます。現実に、ちゃんと存在する以上、「鉛でガスホールが詰まってしまう」ということもないと思いますよ。

散弾の装弾形状による影響とか、チューブマガジンによる影響はオートでもポンプアクションでも同じではないですか？それを動かす力に差はあれ、給弾閉鎖機構そのものは同じようなものです。オートの作動に問題が出るとすれば、散弾銃の装弾の特殊性？あるいは多種多様性？の影響だと思います。

質問者がいわれるほど「オートのショットガンはジャムしやすい」のかどうかは判りません。ただ、自動銃の作動は方式がなんであれ、装弾によって影響を受けるのは宿命でしょう。散弾の装弾はメーカーも多いし、ワッズ（送り盆）の構造もメーカーによって異なり、装弾の種類によっては弾量や装薬が異なる場合もあります。これは、発射において生じる反動力やガス圧などが、装弾によって多少異なるという事になり、発射において生じる反動力やガス圧を作動のエネルギーにしている自動銃には望ましいものではありません。

軍用の拳銃や自動ライフルですら、総てのメーカーの弾薬でも確実に動作するとは限りません。どんな自動銃でも、ある程度装弾を選ぶのは当然で、装弾の持つエネルギーに影響されない（ダミー装弾でも作動させ得る）ポンプアクションに作動の確実性では一歩譲るのは仕方ないでしょう。軍用、警察用にポンプアクションが多いのは、これが理由でしょう。ただ、実際に射撃や狩猟で広範囲に自動銃が使われているので、適合する装弾を使う限りは、そう問題があるとは思えないのですが。

それと、散弾銃で反動利用方式というとロングリコイルですね。ご存知のようにロングリコイルの場合、銃身とボルトは結合され状態で発射による反動によって後退します。この時に結合した銃身とボルトが後座長一杯に後退し、レシーバーにぶつかるまでは射手が受ける力はリコイルスプリングを圧縮する力だけです。結合した銃身とボルトがレシーバーにぶつかることで、初めて射手に反動が伝わります。ですから、

＞しかも銃の反動が強いのでグリップが甘いと銃が後ろに流れて機関部
＞にかかる反動が軽減され動作不全を起こす・・・

というようなことはありません。射手が強い反動を受ける時点で既に後座は完了しています。射手が後ろへのけぞったとしても、ボルトの後退不良が起こることはないでしょう。それに、例え銃を糸でぶら下げたような状態で発射しても、問題なく作動すると思いますよ。この程度で作動が不安定になるようでは、実用にならないはずですから。
colt45

＞例え銃を糸でぶら下げたような状態で発射しても、問題なく作動すると思いますよ。

これは、ちょっと撤回です。ガス・オートなら問題ないでしょうが、ロングリコイルでは、銃身とボルトそれぞれに後座スプリングがあり、銃重量の半分ぐらいの重量が後座するので、これはちょっと確信が持てないです（＾＾；。ただ、グリップが甘いぐらいでは問題ないと思いますよ。ピストルのように片手で持って空へ向けて撃っても作動するはずですから。
colt45

＞colt45.さん
フォローありがとうございます。ガス式のショットガンって存在したのですね(@_@;)
「反動利用の銃のグリップが甘いと…」という記述はＧＵＮ誌別冊コンバットショットガンの評価において、ベネリＭ１２００オートショットガンがジャムを多発した理由を「銃が軽い上にシューターのグリップが甘かった」と説明されていたものです。
ささき

詳しい回答、ありがとうございました。
たまる