たぶん、両方ホントなんじゃないでしょうか?　どこの国だって軍は純粋に軍事的理由で目標を選びたがる。昭和２０年ごろの時点でいえば、米軍も軍事目標だけでなく一般国民の戦意をくじき、何はともあれ民力を含めた戦力を殺ぐことに懸命でしたから、日本国内どこでも目標になり得たでしょう。明治神宮、皇居、外宮などを意識的に狙ったのはそういうことでしょう。感激なさるのはあの国の戦後の平和宣伝（多分にウソの多い）にしてやられたってことでしょう。
でも、米国の場合、日本文化のファンがいて、その学者の意見がある程度、軍の意向にも影響し得た、そういう点ではうらやましい限りだし、当時の日本では考えられないことです。日本なら、非国民、売国奴、スパイ、ありとあらゆる罵声とともに無視されるでしょう。無視されるだけならまだしも、そんな奴はこうしてくれるってわけで、召集令状が来たのではないでしょうか。
奈良・京都を爆撃対象から外したと聞けば、「そうか、よかったな」と答え、実はとっておいたんだよ、と聞かされれば、「そうだろうな、そんなもんだよ、戦争は…」と答える、これでは不誠意ですか?　でもこれが真実だと思いますが。
藤縄

　原子核爆弾は盆地で使用すると、
山に反射した衝撃波が繰り返し街を襲うため、
より効果が大きくなるということです。
この条件からいうと、京都はもっとも理想的な目標都市でした。

　原爆の目標都市には、
京都・広島・新潟・小倉が候補として挙げられ、
後に京都・新潟は除外され、長崎が加えられます。
新潟が候補から外されたのはB-29の航続距離の問題からですが、
京都が外されたのは、スチムソン陸軍大臣が反対したからです。
「国宝級の建築物が多く存在するから」というのが反対の理由ですが、
占領後の日本の世論を考慮した、というのが本音ではないかと思います。

　米軍がこれらの目標都市を通常攻撃しなかったのは、
・原爆の破壊力を確認するため（実用実験）
・原爆の被害を最大限にするため（デモンストレーション）
などといわれていますが、
「どうせ全部ぶっこわれるのだから、焼夷弾を落してももったいない」
というような心理もあったのではないかと想像しています。

どんべ

焼夷弾を落としてももったいない、というより、
下手に攻撃を加えたら、十分な威力観測ができないという判断じゃないでしょうか？
勝井

　この疑問にズバリ答える本があります。題名は『京都に原爆を投下せよ』、出版は角川書店です。残念ながら著者名は忘れてしまいました。が、小さな図書館にも置いてあるので、簡単に見つけることができると思います。
　で、同書によれば、「アメリカは歴史遺産を守るために京都を空襲しなかった」は全くの出鱈目だそうです。原爆の候補地だったので空襲を免れただけ、というのが真相だと書かれてました。
　また、この出鱈目は、アメリカの宣伝により定着したものではない、とも書かれてました。何事も美談に仕立て上げてしまう戦後の日本マスコミが作り上げた伝説だそうです。そもそも、京都を空襲目標から外すようアメリカ政府に進言したと伝えられるウォーナー博士自身、「自分はそんなことを言った覚えはない」と断言してるのだとか。また、アメリカ公文書館を隅から隅まで探しても、そのような指示を命じた書類は見つからないのだそうです。
　この本は、記述が具体的で、しかも出典も明示されてるので、内容はかなり正確だと思われます。一読をお薦めします（本来なら内容を全て紹介したいのですが、ちょっと無理があるので、これで勘弁して下さい）。
ツカドン

日本の側でも京都での原爆使用を予期して、比叡山の上に観測所を設け、物理学者たちが原子核分裂現象を観測しようと待ち受けていたという話もあります。
片

ふと思いましたが、
当時の京都って、軍事的にはどういう位置付けだったんでしょう？
京都にそんな大規模な軍需施設があったんでしょうか？
勝井

京都の伏見に陸軍の師団本部があり、隣の宇治（平等院で有名だが）には爆薬関係の施設があったそうです。だいたい、京都付近から大阪砲兵工廠に至る淀川流域には軍関係の施設や工場が集中していたとか。それに、京都は東海道線や山陰線などの幹線鉄道が分岐する交通の要衝でもある。特に京都の西郊の山崎付近（サントリーで有名、あと光秀というのが負けた所）は鉄道や道路が淀川沿いの狭い谷間に集中しており、ここを壊滅させれば日本の大動脈を麻痺させることにもなる。
アリエフ

米軍はわざと歴史的価値のある建物を残しておき、
終戦後それを利用してアメリカ合衆国の軍隊は
日本人を感動させる作戦だと
うちの中学校の先生が言っていましたが？
富嶽

なるほど。交通の要衝という考え方は気が付きませんでした。
どうしても本土空襲というと、生産拠点の破壊みたく捉えてしまっていたようです。
ご教授深謝。
勝井

　便乗質問よろしいでしょうか？
　京都が戦略的に重要な場所だということを知り驚いてます。てっきり、爆撃しても無意味だから被害を免れたと思い込んでいたので。
　そこで質問です。京都同様に文化的に貴重だから空襲を免れたと言われる文化都市として、他に鎌倉、奈良、金沢があげられます（これらの文化都市には、ウォーナー博士に感謝する記念碑が建立されてるんだそうです）。これらの都市には、爆撃の目標となるような軍事施設、軍需工場などはあったのでしょうか？
ツカドン