色々な状況があるだろうけど、指揮官は兵に演習だとか、反乱兵の鎮圧活動だとか言って真の目的を隠しつつ行動させるのが普通ではないかと思います。
そして、部隊内にスパイがいないかどうか監視体制を強化する。そうなれば、兵が不審を抱いたとしても脱走したり命令に従わなかったりするのは難しくなる。また、常日頃から指揮官が部隊内の兵の人心を掌握し反発心を起こさないようにする努力も払っていることでしょう（指揮官の基本的な資質、任務ではあるが）。
後はクーデターがうまくいくかどうかによるわけです。
アリエフ

軍隊と言う物は上官の命令に服従するように出来ていますので、多少理不尽な命令でも従うのが基本です。（でなければ戦争なんて出来ません）
その上でアリエフさんが仰ったような掌握手段を取る物と考えられます。

とりあえず初動時は訳もわからずただ従うのではないですか?
で、時間が経って「様子が変だぞ」となった時にいかに首謀者が立場を正当化させるか、そんな所ではないかと考えます。

クーデターまで行かなくても総司令部に逆らって師団ごと独自行動した例はありますよね?たとえば総統命令を無視したハリコフのハウサーとか。
極端な場合、あの部隊がそのままベルリンに進んだ場合どうなるか?相当な所までかなりの部隊はついて来るのではないでしょうか?
だーくまたー