それは「ジョリー・ロジャー」(Jolly Roger)　のことですね。その語源はというと、うーむ、Hypertext Webster にも無いなぁ。(N)

「Jolly」は「陽気な」って意味ですね。んで、「Roger」ですけど、こちらは諸説有って、通説は人名（そういえば以前ありましたね、質問が）から来たとしていますが、有力説として「昔、泥棒や乞食の事をrogerと呼んでいて、それが変化して悪党の事をrogerと呼ぶようになった」とするのもあります。つまり「陽気な悪党」＝海賊、となるわけですな。（revi）

jolly には jolly boat とか、船に関係する意味合いもあるから、そっちの方から来ているのかな？とも思えるんですが。(N)

陽気なガキンチョという訳も見たことがあります。

海賊の「髑髏に交叉した大腿骨」のマークをさしてジョニーロジャーと言う場合があります