記憶書きコで資料に当たっていません。
軍旗は陛下から下賜されたもので消耗品のようにすり切れても交換することなく半永久的に使う形だったためだと思います。（軍艦旗は消耗品みたいで交換出来るようです。自衛隊の連隊旗も同様、交換可能（違うかも）？？？）
実際軍旗の再交付を受けたのは２例だけらしいです。（一つは西南戦争の十四連隊：襲撃を受けて薩軍に奪われる；再交付後に警察の手で回収され陸軍省で密かに保管されていたそうです（ＮＨＫ番組より）。もう一つはシナ方面で一例有ったらしいですが？（ＧＵＮかなにかの二〜三十年くらい前の軍旗に関する特集に出てました））

素人ですが・・・

それは、わざと房だけにして、本体の旗の部分は大事に箱に入れて軍旗室に仕舞って置いたのです。
あるめ

光人社刊・北村恒信著・『「戦前・戦中」用語ものしり物語』の「軍旗」の項に詳しいことが書いてあります。
たしか最近文庫になっていたとおもうので、ご一読を
中華観音

父から以前聞いた話で恐縮ですが、特に連隊は、明治の頃から伝統があって
長年多くの戦場で使っているうちに、どうしても焦げたり破けたりします。
しかし、連隊旗は、象徴ですので、それはそれで直す事無く大事にして
使っていたからだそうです。
まさ