ミサイルに白系の塗装が多いという点は私もよく分かりませんが、分かる範囲で回答します。

＞鉄の地肌がむき出しなのでしょうか。
　鉄の地肌むき出しということは無いと思います。米軍のMk82などの自由落下爆弾は黒もしくはオリーブドラブに塗装されています。
（参考）http://www.fas.org/man/dod-101/sys/dumb/mk82.htm

＞精密誘導爆弾やミサイルは白だの赤だのに塗装されていることが多いようです。
　精密誘導爆弾なども、普通はグレーやオリーブドラブや黒といった通常の爆弾とほぼ同様の塗装がなされています。
（参考）http://www.fas.org/man/dod-101/sys/smart/990219N0800C003.jpg
　　　　　　　↑AGM-154 JSOWの実戦配備色

　赤色という塗装は研究開発段階や試射時の塗装で、実戦用の兵器にはまず用いられません。
（参考）http://www.fas.org/man/dod-101/sys/smart/jsowflight.jpg
　　　　↑JSOWの搭載試験中のF/A-18（NAWC:海軍航空戦センター所属）

　ちなみに訓練用のイナート弾は青色系の色に塗装されています。
ＹＦ−２３Ａ

YF-23Aさん、ありがとうございます。

いろいろとWEBを調べて回ったのですが、

ミサイル：白や薄いグレー系
精密誘導弾：濃いグレーやオリーブドラブ
自由落下爆弾：オリーブドラブや黒
落下増漕：グレー（機体下部色）

あたりが多いようですね。機体下部色あたりに塗装した方が視認しにくいので良さそうな気がするのですが、爆弾を暗い色に塗るのは何か理由があるのでしょうかね。
富士見町

じゃあ、黒くない例を。
http://www.j-aircraft.com/research/bill_sanborn/phmod21.pdf
片

初めまして。
航空自衛隊の機体で例えるとF-1支援戦闘機は緑色の迷彩ですよね。F−１５戦闘機は灰色の低視認色ですね。爆弾とミサイルの塗装もその運用状況に適した迷彩の一部なんではないかと思います。
猫すけ