IRST/FLIR(リンク参照)なんて言葉もある位で、その辺りの区別が曖昧になりつつあります。ただ基本的にはFLIRは暗視カメラであり、IRSTはレーダーの類です。そのため、FLIRにはカメラとしての特性が、IRSTにはセンサーとしての特性がより求められます。

そのため、FLIRは解像度・分解能がより高いものが求められるため、シーカーヘッドが大きくなりがちですが、空間を高速で走査する必要はあまりないため、極端な話、スタビライズドされてアジマスとエレベーション方向へ動かせれば良く、それに対してIRSTの場合は解像度・分解能よりも空間を高速で走査できる能力が求められるため、シーカーヘッドは小型になる傾向があります。丁度、赤外線誘導ミサイルのシーカーを思い浮かべて頂ければ良いでしょう。
以上の話で当たらずとも遠からじだと思います。

IRST/FLIR
http://www.airforce-technology.com/contractors/surveillance/galileo/galileo3.html

FLIRの例
SH-60Kでも採用している米国レイセオン社製AN/AAS-44(富士通でAN/AAS-44-N1としてラ国)
http://raytheon.com/products/aas44_v/

IRSTの例
技本開発中の戦闘機搭載型IRST
http://www.jda.go.jp/j/info/hyouka/14/jizen/you08.pdf
AP1