積める所にとにかく積みます。
重巡「足柄」生存者を救助した駆逐艦「神風」の場合で、

「艦内といわず艦上といわず、艦橋のラッタルにまで人があふれんばかりにぎっしりと乗っていた。
困るのは右舷には強い陽射しがあるため、左舷の日陰に人が移動することである。このため艦が直進中でも左舷に傾くしまつで、特に面舵をとると傾きがいつまでもなおらない。」(「軍艦物語」(光人社)より引用)

といった話があります。

Ranchan

1.追記
なおこの時、「神風」に救助された「足柄」の生存者は艦長以下８５３名、加えて陸軍兵士約４００名（当時「足柄」は輸送艦任務中で陸軍兵士約１，４００名を輸送中だった)とされています。
Ranchan

　ちなみに通勤電車の場合立席は一人0.3平米、死ぬ気で詰め込んで（首都圏等のラッシュピーク）一人0.1平米だそうです。
　駆逐艦の甲板を全長100m幅10mの楕円とした場合、約3140平米ですので、びっちり整列させれば1万人が乗れます。
　実際には各種装備が並んでるので使えそうな甲板面積は2割ぐらいでしょうが、それで約2000人。立席では可哀想だし、揺れたら海に落ちちゃいますので、幅1m長さ2mぐらいの、つまり一人当たり2平米として300人ぐらい。
　また駆逐艦の場合艦内の甲板総面積はそう多くは無い上、既に乗員用に使ってますから（乗員が100〜200人）艦内の甲板面積が上甲板と同レベルの面積があったとして、各自が寝られる程度として同じく約300人程度、つまり頑張って600人ぐらい（含む乗員）が限度であると思われます（勿論、これは甲板の数や総面積で変ります）
　ガダルカナル撤退で各駆逐艦が平均して450人程度を乗せてますから、乗員もあわせれば寝転がるのがやっとというレベルだったと想像されます。
　また神風の事例では、使えそうな甲板面積が艦内含めて1200平米ぐらいで、救助者と乗員合わせると約1400人で、一人１平米無いんじゃないかというレベルだったと想像されます（つまり１ｍＸ１ｍの空間です）
　以上は艦の構造や配置で使えそうな床面積がかなり違って来る事、上手く多段寝台等を配置すれば数倍にする事も出来なくはないという事を無視した話ですが、一応の目安にはなると思います。
ＳＵＤＯ

武蔵が陸軍を輸送した時にはトラックを甲板に載せたとのこと。せっかく載せたトラックが荒天で流失したとの記述を読んだことがあります。
海軍の輸送作戦としては航空戦艦伊勢、日向の北号作戦が参考になると思います。
４式射撃装置

　終戦後に復員輸送に利用された空母「葛城」では、乗員以外に約3000名の人員を乗せることができたそうです。
　ただし、航空機格納庫はもとより、乗員居住区の一部も同乗者の居住スペースとして利用した結果だそうですから、戦闘状態ではもっと少なかったでしょうが、質問者様のおっしゃるとおり、空母が搭載機を積んでいない状態なら、相当な人数を収容できたと想像できます。
つね

つまんないことですが、
>3.
全長100m幅10mの楕円で3140平米ってどのような計算でしょうか？
100*10ギリギリの矩形で1000平米ですよね・・・
JATO

１隻の駆逐艦が１０００名以上の人員を詰め込んで大空襲を無事突破したという冗談のような話も実在します。
41年5月に英軍がクレタから撤退する際、クレタ出港後に駆逐艦インペリアルが舵の故障により操舵不能に陥りました。
駆逐艦ホットスパーがインペリアルの人員を収容して退避に移ったのですが、この時ホットスパーとインペリアルは両方とも自艦の乗員約150名に加えて陸兵約450名を既に積載していて状況であり、これが全部ホットスパーに乗り移った結果、同艦は1200名を抱え込んだまま敵中を単艦で突っ走る事態になりました。
幸いにも本隊が合流の為に踏みとどまってくれましたので無事落ち合えたのですが、その本隊と合流後も約１２時間ぶっ通しで空襲を浴びる羽目になり、僚艦の殆どが被弾した中でホットスパーだけは無傷のままアレクサンドリアに辿り着くことが出来ています。
烈風天駆

詳しいご説明ありがとうございました。
別件で調べていたところ、こんなのも発見
http://www.warbirds.jp/ansq/22/B2002068.html

やっぱり、どれもかなりムリヤリ積んでいる感じですねぇ…
トラックが流されたのは驚きました。ってか、多分人も流されてる人が居たりして…

追加で質問を。第二次世界大戦後のいわゆる「現代の戦闘艦」は、余分な荷物をつめますか？
フェイズドアレイの側の甲板で休んでいたら…黒こげ？（それはない）
みみず

>8
「フェーズドアレイ・レーダー稼動中に甲板にいたらどうなるのですか？」がお題のAns.Qでよろしければ艦船過去ログNo.2679にあります。
Ranchan

＞6
　おお、半径じゃなくて直径でやってやんの、はずかしー(^^;;
　面積は1/4して約800平米弱ですね（ごめんなさい）
ＳＵＤＯ

一般論として、船舶に貨物を搭載する際には、貨物の搭載空間、復原性、縦強度、乾舷が確保されている必要があります。
艦艇の場合、搭載空間に関しては、小さな貨物はともかく、大きな貨物であれば、暴露甲板上に確保せざうおえないケースが多いでしょう。暴露甲板上というのは、貨物の搭載場所としては、かなり高めの位置ですので、重量物を積むのであれば、重心の上昇を招くため、復原性を確保できるよう留意する必要があります。というわけで、当たり前ですが、搭載できる場所があるからといって、なんぼでも貨物が積めるわけではありません。Ｌ／Ｂの大きい駆逐艦や巡洋艦ではかなりシビアであったと考えられます。

また、人員をのせる場合、現在の船舶設備規則では、航行予定時間１．５時間未満の立ち席で一人あたり0.3平米が要求されます。（９４条）また暴露甲板上に旅客を乗せる場合、必要とされる面積は一人あたり0.85平米（９６条）となっています。甲板面積から乗せられる人数を計算する際の参考にしていただければと思います。

兄弟船