| 機名 | 略符号 | 製造数 | 備考 |
| 13式初歩練習機 | K1Y2 | ? | |
| 三式陸上初歩練習機 | K2Y | 114機 | 最初に製造した機体 |
| 90式機上作業練習機 | K3M | 301機
| |
| 90式水上初歩練習機 | K4Y | 156機
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| 93式水上中間練習機 | K5Y2 | 556機 | |
| 92式艦上攻撃機 | B3Y | 23機 | |
| 96式艦上戦闘機 | A5M | ? | 佐世保工廠と合計200機 |
| 2式練習用戦闘機 | A5M4-K | 4機 | 96式艦上戦闘機の複座 |
| 零式水上偵察機 | E13A | 1200機 | 総製造数1423機、大半を九飛で製造 |
| 零式小型水上偵察機 | E14Y | 126機 | 潜水艦搭載用 |
| 機名 | 略符号 | 製造数 | 備考 |
| 九六式水上偵察機 | E9W | 35機 | 潜水艦搭載用
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| 11試水上中間練習機 | K6W | 3機 | |
| タイ向け輸出 水上機 | 5機 | 詳細不明 | |
| 12試水上初歩練習機 | K8W | 3機 | |
| 二式陸上基本練習機「紅葉」 | K9W | 217機 | |
| 二式中間練習機 | K10W | 26機 | |
| 機上作業練習機 「白菊」 | K11W | 798機 | |
| 18試局地戦闘機 「震電」 | J7W1 | 2機 | |
| 陸上哨戒機 「東海」 | Q1W1 | 153機 | |
| 陸上哨戒機 「南海」 | Q3W1 | 1機 | 「白菊」の哨戒機改造型 |